Berikut adalah Daftar perguruan tinggi swasta di Kalimantan Timur, yang pembinaannya berada di bawah Departemen Pendidikan Nasional. Daftar ini tidak termasuk Perguruan Tinggi Islam Swasta, yang pembinaannya berada di bawah Departemen Agama Republik Indonesia.
Universitas
- Universitas 17 Agustus 1945 Samarinda, Samarinda
- Universitas Balikpapan, Balikpapan
- Universitas Borneo Tarakan, Tarakan
- Universitas Kutai Kartanegara Tenggarong, Tenggarong, Kutai Kartanegara
- Universitas Tridharma, Balikpapan
- Universitas Trunajaya Bontang, Bontang
- Universitas Widya Gama Mahakam Samarinda, Samarinda
Institut
- IKIP PGRI Kaltim, Samarinda
Sekolah Tinggi
- Sekolah Tinggi Ilmu Komunikasi Mahakam, Samarinda
- Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian Berau, Tanjung Redeb, Berau
- Sekolah Tinggi Pertanian Kutai Timur, Sangatta, Kutai Timur
- Sekolah Tinggi Teknologi Industri Bontang, Bontang
- Sekolah Tinggi Teknologi Migas, Balikpapan
- STIE Muhamamdiyah Tanjung Redeb, Tanjung Redeb, Berau
- STIE Muhammadiyah Samarinda, Samarinda
- STIE Nasional Samarinda, Samarinda
- STIE Samarinda, Samarinda
- STIE Tanjung Selor, Tanjung Selor, Bulungan
- STIE Tarakan, Tarakan
- STIE Tenggarong, Tenggarong, Kutai Kartanegara
- STIPER Muhammadiyah Tanah Grogot, Tanah Grogot, Pasir
- STMIK Balikpapan, Balikpapan
- STMIK Samarinda, Samarinda
- STMIK PPKIA Tarakanita Rahmawati, Tarakan
- STMIK Widya Cipta Dharma Samarinda, Samarinda
Politeknik
- Politeknik Balikpapan, Balikpapan
Akademi
- Akademi Akuntansi Balikpapan, Balikpapan
- Akademi Akuntansi Edita Samarinda, Samarinda
- Akademi Bahasa Asing Balikpapan, Balikpapan
- Akademi Bahasa Asing Colorado Samarinda, Samarinda
- Akademi Farmasi Samarinda, Samarinda
- Akademi Keperawatan Dirgahayu Samarinda, Samarinda
- Akademi Keperawatan Kaltara Tarakan, Tarakan
- Akademi Keperawatan Muhammadiyah, Samarinda
- Akademi Keperawatan Yarsi Samarinda, Samarinda
- Akademi Kesehatan Lingkungan Samarinda, Samarinda
- Akademi Keuangan dan Perbankan Widya Praja, Tanah Grogot, Pasir
- Akademi Keuangan dan Perbankan Widya Praja Samarinda, Samarinda
- AMIK Balikpapan, Balikpapan
- AMIK PPKIA Tarakanita Rahmawati Tarakan, Tarakan
- ASMI Balikpapan, Balikpapan
- ASMI Tanjung Selor, Tanjung Selor, Bulungan
